13 des 16 Bundesländer stimmen für den Umzug in die Hauptstadt des geeinten Deutschlands und revidieren damit die ursprüngliche Entscheidung aus dem Jahr 1991, den Bundesrat in Bonn zu belassen. In der Debatte werben unter anderem der bayerische Ministerpräsident Edmund Stoiber, Bremens Bürgermeister Henning Scherf und der Regierende Bürgermeister von Berlin, Eberhard Diepgen, für Berlin. Für den Verbleib Bonn stimmen Johannes Rau, Kurt Beck und Oskar Lafontaine, die Ministerpräsidenten der Länder Nordrhein-Westfalen, Rheinland-Pfalz und des Saarlands. Ein überzeugendes Argument der Berlin-Befürworter lautet, dass die in Bonn bewährte Nähe zu Bundestag und Bundesregierung auch am künftigen Parlaments- und Regierungssitz erhalten bleiben müsse.
Der eigenständige Beschluss des Bundesrates entspricht einer Grundüberzeugung Helmut Kohls. Er hatte in seiner Rede zur Hauptstadtfrage im Deutschen Bundestag am 20. Juni 1991 bekannt: „Mein Lebensweg hat mich oft nach Berlin geführt. Ich war wenige Tage nach dem 17. Juni 1953 dort. Wenn mich am 20. Juni 1953 jemand gefragt hätte: Was ist die deutsche Hauptstadt, und zwar im vollen Sinne des Wortes, hätte ich gesagt: Berlin.“ Kohl argumentiert dennoch ausdrücklich nicht gegen Bonn. Er würdigt den Beitrag der Stadt zum Aufbau der zweiten deutschen Demokratie und zur politischen Stabilität der Bundesrepublik. Zugleich steht Berlin für ihn für die Sehnsucht nach Einheit und für die Überwindung der deutschen Teilung. Ohne das Berlin der vergangenen Jahrzehnte, so Kohl, wäre die Deutsche Einheit nicht möglich gewesen. Auch für das geeinte Europa misst Kohl der Stadt eine besondere Bedeutung bei. Berlin sei nicht nur Hauptstadt Deutschlands, sondern zugleich ein zentraler politischer Ort im Herzen Europas.
Die letzte Sitzung des Bundesrates in Bonn findet am 14. Juli 2000 statt. Nach dem Umzug und der Einweihung des neuen Bundesratsgebäudes am 28. September 2000 tagt die Länderkammer am 29. September erstmals in Berlin. Das Gebäude in der Leipziger Straße 3–4 ist das ehemalige Preußische Herrenhaus, der einstige Sitz der Ersten Kammer des Preußischen Landtags, der Legislative des preußischen Staates.